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基于结合态构象的高级细化的配体受体复合物中大环肽的构象菌株( Conformational Strain of Macrocyclic Peptides in Ligand-Receptor Complexes Based on Advanced Refinement of Bound-State Conformers )
Alexander C Brueckner Qiaolin Deng Ann E Cleves Charles A Lesburg Ajay N Jain
大环多肽是一种重要的药物发现手段，但由于其构象景观的复杂性，分子设计受到限制。为了更好地理解构象倾向，我们估计了156个蛋白质-大环肽共晶体结构的整体应变能。当用位置约束模拟束缚态构象时，观察到了出乎意料的大应变能。相反，使用xGen生成了低能构象系综，该构象系综拟合了实验X射线电子密度图，并给出了合理的应变能估计。这些系综具有显着的构象调整特征，同时仍能较好地拟合电子密度，甚至优于原始坐标。应变估计表明，蛋白质-配体复合物中的相互作用能可以抵消大环肽比小分子和非肽大环更大的应变量。在所有的分子类别中，整体应变能的近似上界与分子尺寸有相同的关系，xGen的束缚态系综给出了有利的束缚能估计。
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