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人群中诺如病毒的捕获:广东省污水监测(2013-2018年)( Capturing noroviruses circulating in the population: sewage surveillance in Guangdong, China (2013–2018) )
J Lu J Peng L Fang L Zeng H Zheng
诺如病毒(NoVs)是急性胃肠炎(AGE)爆发的主要原因。自2014年以来,新的NoV基因变体不断被识别,并导致年龄爆发数量急剧增加。其独特的地理分布和不断扩大的遗传多样性对常规监测提出了挑战。在此,我们通过2013-2018年广东省NoV分子监测,描述了NoV在污水中分布与在当地人群中分布的长期动态相关性。通过RT-PCR计算污水中GI和GII基因型的相对病毒载量。建立了一种高通量测序方法和操作分类单元(OTU)聚类管道,用于说明污水中不同基因型和遗传变异的丰度。我们的结果表明,污水中NoV病毒载量和新变种的出现与人群中NoV爆发风险密切相关。与疫情监测相比,中心城市污水中新出现的GII.P17-GII.17和GII.P16-GII.2的优势可提前一两个月检测到。此外,通过污水监测可以捕捉到临床上很少发现的疫前变异体的动态,从而提高我们对这些新型流行病变异体起源和进化的理解。我们的数据突出表明,污水监测可以提供近实时和高通量的数据,即11月在社区中的循环。随着测序技术的进步,污水监测系统也可以推广到其他相关的传染病。
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