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蛋白质结构的表观遗传维度( The epigenetic dimension of protein structure )
AzzazFodilhttps://orcid.org/0000-0001-8653-5521FantiniJacquesjacques.fantini@univ-amu.frDepartment of Biology, Aix-Marseille Université and INSERM UMR_S 1072,Marseille,France AlphaFold Robetta protein structure intrinsically disordered proteins membrane lipid
蛋白质结构的准确预测是生物学最具挑战性的目标之一。最近的成就是AlphaFold，这是一种机器学习方法，声称已经解决了几乎所有人类蛋白质的结构。这项技术突破被比作人类基因组测序。然而，这一胜利的声明应该谨慎对待，因为我们在一些AlphaFold模型中发现了严重的缺陷。无序区域通常表现为与整个蛋白质几何结构相冲突的大环，导致不切实际的结构，尤其是膜蛋白。事实上，AlphaFold反驳了蛋白质折叠不仅仅由基因组信息决定的观点。我们建议，所有控制蛋白质结构的参数，而不是严格编码在其氨基酸序列中，都应该被创造为“蛋白质结构的表观遗传维度”。例如，这些参数包括膜脂对蛋白质的溶剂化作用，或配体结合时无序蛋白质的结构化，但不包括翻译后修饰的序列编码位点，如糖基化。在我们看来，这种范式对于调和生命系统的两个相反性质是必要的：除了严格的生物编码之外，进化已经让位于某种程度的不确定性和无政府状态。
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