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哺乳动物中保守非编码元素的适应性进化。PLoS Genet, 3: e147。doi: 10.1371 / journal.pgen.0030147( Adaptive evolution of conserved noncoding elements in mammals. PLoS Genet. 3: e147. doi: 10.1371/journal.pgen.0030147 )
JKPS Yeon Kim
保守非编码元件（CNCs）是脊椎动物基因组的一个丰富特征。一些CNC已被证明是顺式调节模块，但大多数CNC的功能尚不清楚。为了研究CNC的进化，我们开发了一种称为“共享率检验”的统计方法来识别在系统发生树分支中替代率有显著差异的CNC。我们报告了将该方法应用于来自人类、黑猩猩、狗、小鼠和大鼠基因组的98,910个CNC的比对。我们发现，68%的CNC是根据一个空模型进化的，在这个空模型中，对于每个CNC，一个单一的参数来模拟这五个物种在系统发育过程中起作用的约束水平。其余的；32%的CNC显示出与基本模型的背离，包括特定分支的加速和减速，以及偶尔不同分支的多次速率变化。我们发现，一个重要的CNC的子集在特定分支上的演化速度明显快于局部中性速率，这为这些CNC的自适应演化提供了有力的证据。这些信号在系统发育上的分布表明CNC的适应性进化发生在偶尔的短暂的进化爆发中。我们的分析为今后的适应功能研究提供了一系列有希望的目标。引用：Kim SY,Pritchard JK（2007）哺乳动物保守非编码元件的适应性进化。PLoS Genet 3(9):E147。DOI:10.1371/journal.pgen.0030147
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