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结合绝对定量的easyCLIP rna -蛋白相互作用分析( easyCLIP analysis of RNA-protein interactions incorporating absolute quantification )
DF Porter W Miao X Yang GA Goda PA Khavari
目前还缺乏确定蛋白质为RNA结合蛋白（RBPs）的定量标准，也缺乏确定RBP靶RNA的标准。本文提出了一种紫外交联免疫沉淀测序方法EasyCLIP。easyCLIP提供绝对交联率，以及在测序文库准备过程中增加的简单性、效率和可视化RNA文库的能力。通过对超过35种蛋白质的200个独立交联实验的测量，确定了一个RNA交联率阈值，该阈值将RBPs与非RBPs区分开来，并将目标RNA定义为那些具有随机蛋白质不可能具有的复杂频率的RNA。我们应用easyCLIP对28个RBPs中33个最常复发的癌症突变进行分析，发现KHDRBS2 R168C、A1CF E34K和PCBP1 L100P/Q癌症突变的每个RBP分子的RNA结合增加。定量RBP-RNA相互作用可以将蛋白质命名为RBP，并定义特定疾病相关RBP突变对RNA结合的影响。
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