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利用Cas9-Cas12a杂交平台绘制遗传相互作用图谱和解析外显子功能基因组学( Genetic interaction mapping and exon-resolution functional genomics with a hybrid Cas9-Cas12a platform )
GP Thomas A Michael KR Brown F Shaghayegh B Ulrich HN Ward KCH Ha W Alexander B Maximilian D Tanja
遗传相互作用(GIs)的系统定位和对哺乳动物细胞中大量基因组片段功能的研究是生物医学研究的重要目标。为了推进这些目标，我们提出了一个基于CRISPR（聚类规则间隔短回文重复序列）的组合遗传操作筛选系统，该系统使用CRISPR相关核酸酶9和12a(Cas9和Cas12a)的共表达和机器学习优化的杂交Cas9-Cas12a指导RNAs文库。该系统名为Cas Hybrid for Multiplexed编辑和筛选应用(CHyMErA)，其性能优于单独使用Cas9或Cas12a编辑的基因筛选。应用CHyMErA消融哺乳动物paralog基因对揭示了广泛的GIs，并揭示了通常被功能冗余掩盖的表型。CHyMErA在化学相互作用筛选中的应用鉴定了影响细胞生长的基因，以响应mTOR通路的抑制。此外，通过系统地靶向数千个选择性剪接事件，CHyMErA识别了人类细胞系适应度的外显子。因此，CHyMErA代表了一种有效的筛选方法，用于GI图谱和大量基因组区域的功能分析，如替代外显子。
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