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链特异性ChIP-seq在DNA断裂区区分ssDNA和dsDNA结合，并反驳单链核小体( Strand-specific ChIP-seq at DNA breaks distinguishes ssDNA versus dsDNA binding and refutes single-stranded nucleosomes )
M Peritore KU Reusswig SCS Bantele T Straub B Pfander
在通过同源重组进行DNA双链断裂(DSB)修复的第一步中，DNA末端被切除，从而产生单链DNA（ssDNA）悬垂。ssDNA与RPA等因子特异性结合，在受损染色质上构成一个ssDNA-结构域。在DSB信号传导和修复过程中，此ssDNA和邻近的dsDNA结构域的分子组织是至关重要的。然而，关于在ssDNA结构域中存在核小体（最基本的染色质成分）的数据一直是相互矛盾的。在这里，我们使用位点特异性诱导DSBs和染色质免疫沉淀，然后链特异性测序来分析关键的DSB修复和信号蛋白与ssDNA或dsDNA结构域的体内结合。在核小体的情况下，我们表明最近提出的ssDNA核小体不是一个主要的，持久的物种，但核小体驱逐和DNA末端切除是内在耦合的。这些结果支持了一个在DSB修复过程中分离的dsDNA-nucleosome和ssDNA-RPA结构域的模型。
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