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组学数据分析与集成中的无服务器计算( Serverless computing in omics data analysis and integration )
Grzesik Piotr Augustyn Dariusz R Wycilik ukasz Mrozek Dariusz cloud computing serverless computing omics data processing omics data integration function-as-a-service container-as-a-service bioinformatics
组学数据的全面分析可能需要大量的计算资源和对各种数据源的访问，这些数据源必须集成到复杂的、多步骤的分析管道中。应用云计算范例可以加速许多此类分析的执行，云计算范例为存储不同类型的数据和并行化数据分析计算提供了可伸缩的资源。而且，这些资源可以重用于不同的多组学分析场景。传统上，开发人员需要管理云平台的底层基础设施、配置、维护和容量规划。无服务器计算范例通过自动分配和维护分析任务所需的服务器和虚拟机来简化这些操作。这种范例提供高度并行执行和高度可伸缩性，无需对底层基础设施进行手动管理，使开发人员能够专注于操作逻辑。本文综述了生物信息学中的无服务器解决方案，并评价了它们在组学数据分析和集成中的应用。我们首先回顾了云计算模型在多组学数据分析中的应用，并暴露了早期方法的一些缺点。然后，我们介绍了无服务器计算范式，并展示了它在新冠肺炎疫情背景下对多组学数据源进行综合分析的适用性。
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