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通过高通量虚拟筛选和分子动力学模拟筛选潜在的fda批准的SARS-CoV-2主要蛋白酶3CL pro抑制剂( Screening potential FDA-approved inhibitors of the SARS-CoV-2 major protease 3CL pro through high-throughput virtual screening and molecular dynamics simulation )
WS Liu HG Li CH Ding HX Zhang JQ Li
已确认新型冠状病毒新型冠状病毒导致了冠状病毒疾病2019（新冠肺炎）全球大流行。研究发现，3-糜蛋白酶样蛋白酶(3CLPRO)是病毒复制的必需酶，可作为抑制新型冠状病毒的潜在靶点。本工作以3CLPro为靶点，完成了FDA批准的药物的高通量虚拟筛选，获得了吲地那韦等10个对3CLPro对接得分较高的药物。对3ClPro与茚地那韦的结合模式进行了研究，发现茚地那韦能与催化二元体His41-Cys145形成稳定的氢键（氢键）相互作用。结合自由能研究发现，Indinavir与3ClPro有较高的结合亲和力。随后，分别对3ClPro和3ClPro茚地那韦体系进行了分子动力学模拟。后动力学分析表明，3Clpro-Indinavir体系的构象状态发生了明显变化，体系趋于稳定。此外，残基相互作用网络(RIN)和氢键占据率分析表明，3CLPRO与茚地那韦结合后，催化位点的残基-残基相互作用显著增强，从而使蛋白质失活。总之，通过这项研究，我们希望能提供更多有价值的针对新冠肺炎的线索。
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