人类噬菌体图谱:对口腔噬菌体的高分辨率探索揭示了全球分布的噬菌体家族，具有个体特异性和暂时稳定的群落组成( Human Phageprints: A high-resolution exploration of oral phages reveals globally-distributed phage families with individual-specific and temporally-stable community compositions )

G Mahmoudabadi K Homyk A Catching H Foley Arbel Tadmor

对噬菌体或细菌病毒的研究传统上依赖于细菌宿主的培养。由于绝大多数细菌仍然是不可培养的，我们直到最近才开始通过培养无关的技术31（1,2）认识到噬菌体的压倒性存在。这些进展使噬菌体不仅成为我们星球上数量最多、多样性最大的32个生物实体，而且通过快速的33个感染周期和基因转移事件（3-7）成为微生物生态系统的调节器。然而，与它们的细菌宿主相比，尽管有34个噬菌体被证明具有改变医学(8-10)、农业(11，12)和生物技术（13-15）等领域的潜力，但总的来说，噬菌体的特征很差（16-20）。36即使在人体内等熟悉的微生物生境中，37个噬菌体及其相应的细菌宿主的身份、它们的群落组成、38个生境之间的转移模式、它们与细菌和人类宿主的共同进化史、它们在39个健康和疾病中的作用以及其他重要课题仍未得到高度探讨。因此，我们选择研究40人类口腔，不仅因为它代表了一个多方面的和医学上重要的41生态系统，而且因为很少有研究集中于口腔噬菌体群落（21-25）。42几项有趣的研究表明，噬菌体是人类43个口腔中最丰富的成员（每毫升唾液中有108个病毒样颗粒）(22，26)，在44种疾病的位点有独特的群落(27，28)，能够增加致病基因的细菌库(29，30)。这45项研究依赖于猎枪宏基因组方法，部分原因是病毒基因组的46个特征之一是缺乏普遍保守的序列。鉴于核糖体47 RNA序列可作为细胞基因组的通用标记，本文利用其序列变异

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