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高通量炼金术自由能计算中SOMD中QUBE力场的实现( Implementation of the QUBE Force Field in SOMD for High-Throughput Alchemical Free-Energy Calculations )
Lauren Nelson Sofia Bariami Chris Ringrose Joshua T Horton Daniel J Cole
量子力学定制(QUBE)力场方法已被发展为便于自动推导势能函数参数，以模拟蛋白质与配体的结合。迄今为止，该方法已经在蛋白质-配体复合物的蒙特卡罗模拟中得到了验证。本文描述了QUBE力场在炼金术自由能计算分子动力学模拟软件SOMD中的实现。通过证明在SOMD和GROMACS软件包中用QUBE力场计算的绝对水化自由能的重复性，验证了该实现。我们通过一个涉及HIV-1逆转录酶的两系列非核苷抑制剂的案例研究进一步证明，在一个有效利用图形处理单元加速的现代模拟包中QUBE的可用性将有助于高通量的炼金术自由能计算。
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