宫颈癌发展过程中差异表达基因和通路的生物信息学分析( Bioinformatics analysis of differentially expressed genes and pathways in the development of cervical cancer )

Baojie Wu Shuyi Xi

研究背景：本研究旨在探索和鉴定宫颈癌进展的关键基因和信号通路，以改善预后。方法筛选3份基因表达谱(GSE63514、GSE64217和GSE138080)，并从基因表达综合数据库(GEO)下载。用GEO2R和Venn图工具筛选差异表达基因。然后进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)途径富集分析。基因集富集分析(GSEA)分析3种基因表达谱。构建了DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，并进行了功能富集分析。在此基础上，利用Cytoscape软件对PPI关键子网络中的hub基因进行了探索。验证了这些基因在肿瘤中的表达，并从关键子网络中进行了潜在预后基因的生存分析。候选基因的功能注释、多基因比较和降维提示了潜在靶点的临床意义。结果共筛选到476个DEGs，其中上调基因253个，下调基因223个。在癌前病变和宫颈癌组织中，DEGs在22个生物学过程、16种细胞成分和9种分子功能中富集。DEGs主要富集在10条KEGG途径中。通过交叉分析和数据挖掘，GSEA揭示了3条KEGG关键通路及相关核心基因。构建了476个DEGs的PPI网络，从12个关键子网络中寻找hub基因，共获得了14个潜在的分子靶点。结论：这些发现促进了对宫颈癌分子机制和临床相关分子靶点的认识。

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