转录组范围关联研究确定类风湿关节炎的易感基因( Transcriptome-wide association study identifies susceptibility genes for rheumatoid arthritis )

C Wu S Tan L Liu S Cheng F Zhang

目的通过整合全基因组关联研究(GWAS)和基因表达谱数据，确定类风湿关节炎(RA)相关的易感基因和途径。方法应用RA融合软件对EBV转化淋巴细胞(EL)、转化成纤维细胞(TF)、外周血(NBL)和全血(YBL)进行转录组关联研究(TWAS)。GWAS总结数据来自一个大规模的GWAS，涉及5539名自身抗体阳性的RA患者和20169名对照。利用mRNA表达谱进一步验证了TWAS鉴定的基因，并对其功能进行了探讨。结果共鉴定出692个RA基因，其P TWAS值均<0.05。CRIPAK（P EL=0.01293,P TF=0.00038,P NBL=0.02839,P YBL=0.0978）,MUT（P EL=0.00377,P TF=0.00076,P NBL=0.00778,P YBL=0.00096）,FOXRED1（P EL=0.03834,P TF=0.01120,P NBL=0.01280,P YBL=0.00583）,EBPL（P EL=0.00806,P TF=0.03761,P NBL=0.03540,P YBL=0.04254）在4种组织/细胞中均有表达。对ANXA5、AP4B1、ATIC(PTWAS=0.0113,表达下调）、C12orf65、CMAH、PDHB、RUNX3(PTWAS=0.0346,表达下调）、SBF1、SH2B3、STK38、TMEM43、XPNPEP1、KIAA1530、NUFIP2、PPP2R3C、RAB24、STX6和TLR5(PTWAS=0.04665,表达上调）等18个基因进行了TWAS和mRNA表达谱的综合分析。TWAS鉴定的基因与内质网组织、细胞因子产生调控、TNF信号通路、免疫应答调节信号通路、自噬调节等功能有关。结论我们鉴定了多种候选基因和通路，为RA的遗传机制提供了新的线索。

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