肉鸡肠道菌群与残采食量的关系( Linkage between the intestinal microbiota and residual feed intake in broiler chickens )

J Liu SN Stewart K Robinson Q Yang G Zhang

背景：肠道微生物群在营养物质的消化和利用中起着关键作用，对家畜的饲料效率有着深远的影响。然而，与饲料效率密切相关的肠道微生物仍然难以捉摸。方法：将雄性科布肉鸡分别饲养于第14天至第35天，研究肠道细菌与剩余采食量(RFI)的关系。计算了56只鸡的个体RFI值。于第35天从每只动物的回肠、盲肠和泄殖腔收集腔内内容物。分离细菌DNA，进行16SrRNA基因测序。利用Deblur和Qiime2对肠道微生物区系进行特征级分类。选择15只和17只RFI值最大的鸡组成高RFI组和低RFI组，随后进行LEfSe比较微生物区系的差异。进一步进行Spearman相关分析，确定肠道微生物组成与RFI之间的相关性。结果：高RFI和低RFI鸡回肠、盲肠和泄殖腔微生物区系的均匀度、丰富度和总体多样性没有显著差异。然而，LEfSe分析显示，许多细菌特征在高RFI或低RFI鸡中差异富集。Spearman相关分析进一步发现许多差异富集细菌特征与RFI显著相关(P<0.05)。重要的是，并不是所有的短链脂肪酸(SCFA)生产者都与RFI呈正相关。在低RFI高效鸡群中，新发现的两个新成员--奥兹利菌和丁酸菌的数量较多，而其他几个SCFA产生菌，如Subdoligranulum variabile和两个相关的消化链球菌科成员与饲料效率呈负相关。另外，少数近缘的蛛网螺科成员与饲料效率呈正相关，而其他同科成员与饲料效率呈相反关系。结论：我们的结果突出了肠道微生物群的复杂性，需要区分细菌的种类，亚种，甚至菌株水平，以揭示它们与饲料效率的真正联系。RFI相关细菌的鉴定为控制肠道微生物群以提高家禽生产效率、收益性和可持续性提供了重要的线索。

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