脂状耶氏酵母全基因组CRISPR筛选的指导RNA设计( Guide RNA Design for Genome-Wide CRISPR Screens in Yarrowia lipolytica )

A Ramesh I Wheeldon

全基因组功能基因组筛选对于确定生物过程的遗传基础至关重要。在遗传和表观遗传信息的帮助下，干扰基因功能的新的和强大的工具使得系统地研究每个基因对进化和工程表型的贡献成为可能。在处理非常规宿主时，功能基因组学和对增强表型的筛选变得越来越重要。非模式生物对代谢工程有价值，因为它们呈现出一系列理想的表型，并有助于避免复杂和密集的不适合的宿主工程，而这些宿主不具有理想的表型。然而，这类宿主的驯化需要一套合成生物学工具，以允许靶向基因组工程、基因表达调控和全基因组突变筛查。基于CRISPR-Cas9和CRISPR-Cpf1的系统的广泛采用已经允许在许多生物中进行这种筛查。在任何全基因组CRISPR筛选中，关键的考虑因素是设计一组独特的导向RNA，靶向基因组中所需的一组基因，以及设计非靶向导向RNA，作为实验的适当阴性对照。在本方法章节中，我们提出了CRISPR筛选指南的设计方案，针对工业相关油脂酵母Yarrowia lipolytica基因组中的每一个基因。第一套协议描述了设计全基因组CRISPR-Cpf1筛选的基因组靶向和非靶向指南的算法。第二组协议描述了对第一组协议的修改，用于CRISPR-Cas9屏幕指南的设计。这里描述的策略应该作为设计大多数全基因组CRISPR筛选的gRNAs文库的有效指南。

SciDown文献求助系统（解决99%问题） Public Download Springer ResearchGate