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三维分子相似性工具在基于配体的虚拟筛选中的综合比较评估( A comprehensive comparative assessment of 3D molecular similarity tools in ligand-based virtual screening )
Jiang Zhenla Xu Jianrong Yan Aixia Wang Ling 3D molecular similarity virtual screening scaffold hopping screening power query template
三维分子相似性是一种主要的基于配体的虚拟筛选(VS)方法，在药物发现过程中得到了广泛的应用。近几十年来发展了多种三维分子相似性工具。在本研究中，我们针对DUD-E和LIT-PCBA数据集（包括商业ROC和Phase数据集）评估了15个三维分子相似性程序的筛选能力和支架跳跃能力。结果表明:(1)SHAFTS、LS-align、Phase Shape_Pharm和LIGSIFT具有最佳的筛选能力。一些可供学术界使用的3D相似性工具可以产生比商业ROC和Phase软件相对更好的VS性能。（2）现有的3D相似性VS工具显示出相当大的能力捕获具有新的化学类型的活性在支架跳跃方面。（3）多构象相对于单构象,对大多数3D相似性工具的VS性能有较大改善,在接收算子特征曲线值下的面积、前1%的富集因子和前1%的命中率有较大改善。此外,对来自不同查询种子和不同3D相似性VS工具的攻击列表进行冗余和互补分析表明,在VS活动中,不同查询种子和/或不同3D相似性工具的组合检索到更多（且更多样）的活性分子。这些发现为指导VS实践中最优三维分子相似性工具的选择和设计可能的组合策略以发现更多样的活性化合物提供了有用的信息。
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