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基因表达数据的信息合并高斯图形模型( Information-incorporated Gaussian graphical model for gene expression data )
H Yi Q Zhang C Lin S Ma Gaussian graphical model gene expression incorporating additional information
在基因表达数据的分析中,网络方法从系统的角度出发,发挥了不可替代的重要作用。高斯图形模型(GGM)在基因表达数据的网络分析中得到了广泛的应用。他们调查基因之间的条件依赖关系,并将估计网络结构的问题“转化”为精确矩阵的稀疏估计。当存在中等到大量的基因时,需要估计的参数数量可能会压倒有限的样本量,导致估计和选择不可靠。在这篇文章中,我们建议结合以前的研究(例如,那些保存在PubMed的研究)的信息来帮助估计当前数据中的网络结构。人们认识到,这些信息可能是片面的、有偏见的,甚至是错误的。提出了一种基于惩罚的估计方法,证明了该方法具有一致性,并使用有效的计算算法实现了该方法。仿真演示了其在各种信息精度场景下的竞争性能。通过对TCGA肺癌预后基因的分析,得出了不同于其他基因的网络结构。这篇文章受版权保护。保留所有权利
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