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姬蜂总科28S和18S rRNA二级结构预测:对序列比对和系统发育的影响( Predicted Secondary Structure for 28S and 18S rRNA from Ichneumonoidea (Insecta: Hymenoptera: Apocrita): Impact on Sequence Alignment and Phylogeny Estimation )
JJ Gillespie MJ Yoder RA Wharton
我们利用28S rRNA D2-D10扩增片段的二级结构特性，假设膜翅目姬蜂总科（茧蜂科，姬蜂科）主要谱系的多序列比对。该序列由290个序列组成（最初分析于Belshaw和Quicke，Syst Biol 51:450-477，2002年），并为这一多样性昆虫群体提供了第一个全球序列比对模板。给出了这些扩增片段以及超过一半的18S rRNA的预测结构，高度可变的区域在保守的结构中被表征和分离。我们演示了优化对齐的几个陷阱，并说明了如何通过基于结构的对齐来潜在地解决这些陷阱。我们的全球比对在网上（http://hymenoptera.tamu.edu/RNA）提供了汇总统计数据，如基础空气频率表，以及用于将基于结构的比对分析成最常用的系统发育软件的输入文件的新工具。这些资源对于膜翅目系统学家以及利用rRNA序列进行任何分类单元系统发育估计的研究人员都是有价值的。我们以Belshaw和Quicke(2002)的结果为基准，通过在各种最优性标准下检查数据的子集来探索我们基于结构的比对的系统发育效用。
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