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尼安德特人自适应渗透基因变异调节人类免疫细胞报告基因表达的检测( Detection of Neanderthal Adaptively Introgressed Genetic Variants that Modulate Reporter Gene Expression in Human Immune Cells )
Jagoda Evelyn Xue James R Reilly Steven K Dannemann Michael Racimo Fernando Huerta-Sanchez Emilia Sankararaman Sriram Kelso Janet Pagani Luca Sabeti Pardis C Capellini Terence D
虽然从尼安德特人传入的一些变异经历了选择性的清扫，但对其功能意义知之甚少。我们采用大规模平行报告分析法(MPRA)分析了5353个高频内向变异体在内源性序列170bp内调节基因表达的能力。我们鉴定了2548个主动推定顺式调节元件（CREs）和292个表达调节变体（EMVAR）。这些emVars被预测可以改变重要免疫转录因子的结合基序，与中性粒细胞和白细胞计数相关联，并与在先天免疫途径包括炎症反应和抗病毒防御中发挥作用的基因表达相关。我们将MPRA数据与其他数据集相结合，以确定强有力的候选因素作为正向选择的驱动变体，包括可能有助于防止严重新冠肺炎反应的emVar。我们内源性地删除了两个含有与免疫功能相关的表达调节变异的CREs,rs11624425和rs80317430,确定它们的主要基因靶点分别为ELMSAN1和PAN2和STAT2,这三个基因在流感感染过程中差异表达。总之，我们提出了第一个数据库的实验鉴定表达调节尼安德特人内向等位基因有助于潜在的免疫反应在现代人类。
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