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远距离转录因子之间的合作结合是活性增强子的一个标志( Cooperative binding between distant transcription factors is a hallmark of active enhancers )
S Rao K Ahmad S Ramachandran
增强子含有结合基序，可招募转录因子（TFs）进行基因激活。虽然已知TFs与增强子的协同结合对于少数发育增强子的转录激活至关重要，但全基因组范围内TFs协同作用的程度尚不清楚。在此，我们将高分辨率核酸酶足迹法与单分子甲基化分析相结合，来表征果蝇基因组中活性增强子处的TF协同性。微球菌核酸酶（MNase）保护的短DNA片段的富集表明大多数增强子含有两个或两个以上的TF结合位点，我们在数千个增强子中发现了对应于共结合位点的保护片段。通过对共结合的分析，我们发现在大多数活性增强子的体内TF结合中，协同性占主导地位。50 bp的位点之间的协同性最高，表明协同性没有明显的蛋白质-蛋白质相互作用。我们的发现提示核小体促进合作性，因为共结合可以有效地清除核小体并促进增强子功能。
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