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致癌的染色体外DNA作为移动增强子的功能,以全球放大染色体转录( Oncogenic extrachromosomal DNA functions as mobile enhancers to globally amplify chromosomal transcription )
Y Zhu AD Gujar CH Wong H Tjong CY Ngan L Gong YA Chen H Kim J Liu M Li
染色体外环状DNA(Extrachromosomal,circular DNA,ecDNA)是一种常见的致癌基因改变。我们利用ChIA-PET和ChIA-Drop染色质相互作用分析来表征全基因组EcDNA介导的影响癌症转录程序的染色质接触。胶质母细胞瘤患者源性神经球和前列腺癌细胞培养物中的EcDNA具有广泛的EcDNA内和全基因组染色体相互作用。EcDNA-染色质接触灶的特征是广泛且高水平的H3K27ac信号主要会聚在表达水平增加的染色体基因上。前列腺癌细胞携带由特征增强子组成的合成ecDNA环,导致染色体基因转录的全基因组激活。在单分子分辨率下破译EcDNA的染色体靶点揭示了其与空间上聚集在EcDNA导向的相互作用网络中的活跃表达的癌基因的关联。我们的结果提示ecDNA可以作为移动转录增强子促进肿瘤的进展,并显示了一种潜在的合成非整倍体转录调控机制。
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