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将单分子光谱学与分子动力学相结合( FRETraj: integrating single-molecule spectroscopy with molecular dynamics )
Steffen Fabio D Sigel Roland K O Brner Richard
摘要。单分子FRET实验的定量解释需要一个染料动力学模型来将实验能量转移效率与原子位置之间的距离联系起来。我们开发了FRETraj，这是一个Python模块，用于基于可访问接触体积(ACV)和模拟光子统计来预测FRET分布。FRETraj通过快速评估供体-受体距离来帮助确定感兴趣的生物分子上的最佳荧光团位置。FRETraj是可伸缩的，并且完全集成到PyMOL和Jupyter生态系统中。在此，我们通过计算沿着分子动力学轨迹的多个ACV来描述DNA发夹的构象动力学，并将预测的FRET分布与单分子实验进行比较。FRET辅助建模将加速结构系综的分析，特别是动态的、非编码的RNAs和瞬态的蛋白质-核酸复合物。可用性和实施。FRETraj是作为一个跨平台的Python包实现的，可以在Github上的GPL-3.0（https://Github.com/rna-fretools/FRETraj）中使用，可以在https://rna-fretools.Github.io/FRETraj中找到文档。补充资料。补充数据可在生物信息学在线获得。
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