基于50 indel的苦荞资源遗传鉴定条形码系统的研制( Development of 50 InDel-based barcode system for genetic identification of tartary buckwheat resources )

HB Sohn SJ Kim SY Hong SG Park YH Kim

苦荞（Fagopyrum tataricum Gartn.）是一种功能很强的作物，是未来许多育种努力的目标。各种遗传资源可靠的迁地保存对于苦荞品种的现代育种至关重要。我们建立了基于PCR的共显性插入/缺失(InDel)标记来鉴别苦荞遗传资源。首先，我们从26份苦荞麦材料中获得了一个569.37Mb的超支架参考基因组。“大egwan 3-7.”将26份材料与“Daegwan 3-7”参考序列进行比较，共检测到171,926个同种异质基因和53,755个异质基因。在这些材料中，选择了100个长度为5～20 bp的候选基因进行验证，26份材料中有50份与“Daegwan 3-7”之间存在多态性，其中50份与“Daegwan 3-7”之间存在多态性。通过评估其在50份苦荞基因组类型中产生单个或少数PCR产物的可能性，进一步检验了验证的InDels。主要等位基因频率在TB42位点为0.5616～TB48位点为0.9863,平均PIC值为0.1532,范围为0.0267-0.3712。为了建立一个用户友好的系统，通过比较扩增子多态性与参考品种“Daegwan 3-7”，以一维和二维条形码形式显示了种质间和种质间基因型的同源性。根据50个InDel标记扩增子多态性建立的76份苦荞种质资源的系统树和群体结构与使用非同义单核苷酸多态性变异体的系统树和群体结构一致，表明基于50个InDel标记的条形码系统是提高苦荞种质资源鉴定可靠性的有效工具。

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