采用量子化学、分子对接和分子动力学三方面研究方法，探索矢车菊天然化合物作为新型冠状病毒的潜在抑制剂( A threefold approach including quantum chemical, molecular docking and molecular dynamic studies to explore the natural compounds from Centaurea jacea as the potential inhibitors for COVID-19 )

Muhammad, S. Maqbool, M. F. AlSehemi, A. G. Iqbal, A. Khan, M. Ullah, S. Khan, M. T.

本研究采用量子化学、分子对接和分子动力学三种方法，从矢车菊的生物活性成分中研究了可能的新冠肺炎抑制剂。矢车菊是一种多年生草本植物，常用于治疗皮肤病和发热的民间药物。此外，还报道了其生物活性化合物的抗癌、抗氧化、抗菌和抗病毒等性能。通过分子对接，将Mpro（主要蛋白酶）与矢车菊的不同化合物进行了对接。所研究的化合物包括芹菜素、腋臭素、半人马座素、旋花素、欧upatorin和异卡孕酮，它们与新型冠状病毒蛋白酶结合位点的结合能分别为-6.7kcal/mol、-7.4kcal/mol、-7.0kcal/mol、-5.8kcal/mol、-6.2kcal/mol和-6.8kcal/mol。在所有研究的化合物中，腋臭素的抑制作用最强，其次是半人马座素、异卡奈哌啶、芹菜素、欧upatorin和环孢霉素。结果表明，腋芽苷与Mpro最关键的催化残基CYS145和HIS41结合，并且腋芽苷与Mpro的不同残基表现出5种氢键作用和5种疏水作用。此外，在60 ns(6106飞秒）时间尺度上的分子动力学计算也表明，通过模拟蛋白质类水环境，对木糖苷与新型冠状病毒Mpro的结合作用有重要的见解。从分子动力学计算中，RMSD和RMSF计算表明了最佳对接配合物在水环境中的稳定性和动力学。腋臭素的ADME性质和毒性预测分析也推荐其为安全的候选药物。此外，在体内和体外的研究是必要的，以确保抗新型冠状病毒活性的所有生物活性化合物，特别是腋臭素，以鼓励预防性使用矢车菊对新冠肺炎感染。

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