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利用纳米孔测序发现细菌和微生物的多种类型的DNA甲基化( Discovering multiple types of DNA methylation from bacteria and microbiome using nanopore sequencing )
A Tourancheau EA Mead XS Zhang G Fang
细菌DNA甲基化发生在多种序列背景下，在细胞防御和基因调控中起着重要的功能作用。现有的从纳米孔测序数据检测DNA修饰的方法并不能有效支持未知细菌甲基体的从头研究。在这项工作中，我们观察到一个纳米孔测序信号跨同一类型的甲基化事件显示复杂的异质性。为了使纳米孔测序能够广泛应用于甲基化的发现，我们从细菌种类的分类中生成了一个训练数据集，并开发了一种名为nanodisco（）的方法，该方法将三种甲基化形式的识别和精细映射耦合到一个多标记分类框架中。我们将其应用于单个细菌和小鼠肠道微生物组，以获得可靠的甲基化发现。此外，我们还展示了DNA甲基化用于宏基因组重叠群的结合，将可移动的遗传元件与其宿主基因组相关联，以及识别错配的宏基因组重叠群。
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