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利用独特离子特征模拟分析代谢组学分析的特异性( Analyzing Assay Specificity in Metabolomics Using Unique Ion Signature Simulations )
Premy Shanthamoorthy Adamo Young Hannes Rst
靶向的、非靶向的和独立于数据的采集(DIA)代谢组学的工作流程经常被基于单独的MS1信息或相对较少的MS2片段离子的模糊识别所阻碍。虽然DIA方法在蛋白质组学中得到了广泛的应用，但由于其较大的前体分离窗口和复杂的共分离模式，其是否适用于代谢组学工作流尚不清楚。在这里，我们定量地研究了在复杂背景下使用前体和碎片离子质量-电荷（m/z）分离来检测独特代谢物的必要条件，比较了三种基准质谱(MS1、MRM（多重反应监测）和DIA）方法。我们的模拟表明，DIA在特异性方面分别比仅MS1和基于MRM的方法高出2.8倍和1.8倍。此外，我们还表明，我们的结果不依赖于所使用的过渡次数或背景矩阵的复杂度。最后，我们证明碰撞能量是无歧义检测的一个重要因素，单一的碰撞能量设置不能实现化合物的最优成对微分。我们的分析证明了使用高分辨率前驱体和高分辨率碎片离子m/z进行明确化合物检测的能力。这项工作也证明了DIA是一种新兴的代谢组学高选择性MS获取方法，在独特的化合物鉴定潜力方面优于数据依赖获取(DDA)和MRM。
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