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人类肠道噬菌体多样性的大规模扩张- ScienceDirect( Massive expansion of human gut bacteriophage diversity - ScienceDirect )
LF Camarillo-Guerrero A Almeida G Rangel-Pineros RD Finn TD Lawley
噬菌体通过创造促进生态适应的基因流网络来驱动细菌群落的进化变化。然而,病毒多样性的程度及其在人类肠道中的流行程度仍然很不清楚。在这里,我们介绍了肠道噬菌体数据库,这是一个通过挖掘全球分布的28060个人类肠道宏基因组和2898个培养的肠道细菌参考基因组的数据集而获得的142000个非冗余病毒基因组(>10 kb)的集合。宿主分配表明,病毒多样性在厚壁菌门中最高,并且36%的病毒簇(VCs)不局限于单个物种,在系统发生学上不同的细菌物种之间形成基因流网络。流行病学分析发现至少在5大洲发现了280个全球分布的VCs和一个高度流行的噬菌体分支,其特征使人联想到P-Crassphage。这种高质量、大规模的噬菌体基因组目录将改进未来的病毒研究,并使人类肠道噬菌体的生态和进化分析成为可能。
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