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基因复制和系统基因组冲突是裸子植物表型进化的主要脉冲( Gene duplications and phylogenomic conflict underlie major pulses of phenotypic evolution in gymnosperms )
GW Stull XJ Qu C Parins-Fukuchi YY Yang TS Yi
推断物种多样性和表型差异的内在和外在驱动因素是进化生物学中的一个主要挑战。在绿色植物中，多倍体（或全基因组复制，WGD)在微进化和物种形成中起着重要作用，但WGD在多大程度上塑造了植物系统发育多样化和表型创新的宏观进化模式仍是一个悬而未决的问题。在这里，我们研究了基因组进化的各个方面--包括基因和基因组复制、基因组大小和染色体数目--与裸子植物表型创新、物种多样化和气候占用的宏观进化模式的关系。我们表明，基因组的变化，如WGD和基因组大小的变化，是大多数现存裸子植物分支起源的基础，值得注意的是，我们的结果支持裸子植物谱系中的祖先WGD。基因复制的峰值通常与表型创新的主要峰值相一致，而表型进化的增加率通常在基因树高度冲突的节点上发现，代表了物种形成过程中历史性的种群水平动态。自被子植物兴起以来，裸子植物多样化的大多数变化与假定的WGDs脱钩，而是与气候占用率的增加有关，特别是在较冷和/或较干旱的气候条件下，这表明生态机遇，特别是在新生代后期，和环境异质性推动了裸子植物多样化的复苏。我们的研究对裸子植物多样化和表型进化的过程提供了重要的见解，对植物微观和宏观进化的主要驱动因素具有重要的更广泛的意义。
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