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染色质占用和转录组的单细胞联合检测可以实现高维的表观基因组重建( Single-cell joint detection of chromatin occupancy and transcriptome enables higher-dimensional epigenomic reconstructions )
H Xiong Y Luo Q Wang X Yu A He
细胞命运决定机制的破译需要单细胞整体重建多维表观基因组的转录调控。在这里，我们开发了一种组合条形码方法CoTECH，它允许高通量单细胞联合检测染色质占位和转录组。首先，我们使用CoTECH检测了二价组蛋白标记(H3K4me3和H3K27me3)从nave到引物小鼠胚胎干细胞的转录。在通过转录组连接的假单细胞中，计算导出了并发二价标记，解析了假时间二价轨迹，并解开了h3k4me3/h3k27me3和转录水平之间的上下文特异性相互作用。接下来，CoTECH利用活性增强子标记物H3K27ac揭示了两波造血细胞中内皮细胞向造血细胞转变的调控基础，以及引导造血内皮细胞(HEC)出现的独特的增强子-基因连接方案，表明造血干细胞启动的转录调控具有独特的表观遗传控制。CoTECH为单细胞共检测染色质的占据和转录提供了一个有效的框架，从而实现了更高维的表观基因组重建。
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