应用特异性位点扩增片段测序技术鉴定新疆地方绵羊群体产仔数相关新基因( Identification of novel genes associated with litter size of indigenous sheep population in Xinjiang, China using specific-locus amplified fragment sequencing technology. )

Haiyu Chao Fang Lingling Liu Qiong Wang Jueken Aniwashi Yiming

新疆生态系统多样，绵羊品种资源丰富，其中有几个高产仔数绵羊种群。以前的研究已经证实，主要的高繁殖力基因不能用来检测高产仔数。我们的研究团队在南疆皮山县发现了一个资源群。它表现出很高的生育能力，平均一胎产仔数为2-4只，乳房发育良好，羔羊存活率高。本研究以新疆不同产仔数的绵羊为研究对象，采用特异位点扩增片段测序（SLAF-seq）技术，从全基因组中综合筛选可能引起产仔数差异的单核苷酸多态性(SNPs)，为研究绵羊高多胎性遗传机制提供了理想的样本。利用全基因组关联研究(GWAS)技术检测到与绵羊产仔数相关的新基因，为揭示绵羊繁殖力的调控机制提供了新的线索。通过KASP聚类分析，筛选出与排卵和产仔数相关的候选基因，并用SLAF-seq技术鉴定出685,300个SNPs，用于后续的全基因组分析。随后在全基因组水平检测到155个SNPs。共检测到14个与绵羊繁殖相关的基因:COIL、SLK、FSHR、Plxna3、Ddx24、CXCL12、Pla2g7、ATP5F1A、KERA、GUCY1A1、LOC101107541、LOC101107119、LOC101107809和BRAF。在文献报道的基础上，筛选出与排卵和产仔数相关的7个基因和候选基因(CXCL12、FSHR、SLK、GUCY1A1、COIL、LOC101107541和LOC101107119)30个位点进行KASP聚类分析验证。其中3个基因的9个位点均获得成功基因型。FSHR（GenBank ID:443299,G.75320741G>A位点）、GUCY1A1（GenBank ID:101110000,G.43266624C>T位点）和COIL（GenBank ID:101123134,G.7321466C>G位点）三个位点与产仔数显著或极显著相关。这三个基因座有望作为确定绵羊产仔数差异的分子标记。

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