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单细胞分辨率下玉米的顺式调控图谱( A cis-regulatory atlas in maize at single-cell resolution )
AP Marand Z Chen A Gallavotti RJ Schmitz
顺式调控元件（CREs）编码基因组蓝图，协调高度专门化细胞功能下的时空基因表达程序。为了确定细胞类型规格和发育转变中的CREs，我们在玉米器官图谱中实施了转座酶可及染色质的单细胞测序。我们用一种新的正则化准二项logistic回归描述了玉米中超过165,913个假定CRE，56,575个细胞和52个已知细胞类型的92种不同的染色质可及性状态。细胞状态在很大程度上取决于转录因子（TFs）及其相关结合位点的组合可及性。共可及染色质重述了高阶染色质相互作用，与不同的TFs集协调细胞类型特异性调节动力学。拟南芥轨迹的假时间重建和比对确定了保守的TFs，相关的基序和顺式调控区指定了顺序的发育进程。细胞类型特异的染色质区域丰富了与表型相关的遗传变异和选择特征，揭示了现代玉米育种所针对的主要细胞类型和假定的CREs。总之，我们的分析为理解一个主要作物物种的细胞异质性、进化和细胞类型规格的顺式调节语法提供了一个全面的框架。
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