基于下一代测序的多重远程PCR用于自身炎症疾病的常规基因分型( Next Generation Sequencing Based Multiplex Long-Range PCR for Routine Genotyping of Autoinflammatory Disorders )

F Guzel M Romano E Keles D Piskin E Demirkaya

背景在过去的十年中，利用下一代测序技术(NGS)在鉴定艾滋病相关基因方面取得了显著的进展。一个国际专家小组描述了理想的遗传筛选方法，该方法应该提供关于SNVs、InDels、拷贝数变异(CNVs)、GC丰富区域的信息。我们的目的是开发和验证一种与NGS平台相结合的分子诊断方法，作为一种廉价、扩展和统一覆盖的快速筛查工具，该工具由已知与各种艾滋病相关的九个基因组成。方法在健康样本上建立长程多重模型，对基本和扩展面板进行验证，MEFV、MVK、TNFRSF1A、NLRP3、PSTPIP1、IL1RN、NOD2、NLRP12和LPIN2基因无任何已知变异。已经知道这些基因中致病变异的艾滋病患者被测序以进行分析验证。作为最后一步，多重模型在预诊断为艾滋病的患者身上进行验证。所有测序步骤均在Illumina NGS平台上进行。有效性步骤包括相关候选基因的选择、引物设计、筛选方法的开发、产品的验证和验证。遵循GDPE（Gentera）生物信息学管道。结果21例健康人中虽无非同义变异，但检测到107个同义变异等位基因及部分内含型和UTR变异。在10例接受分析验证的患者中，除了11个已知的非同义变异等位基因外，还发现了11个额外的非同义变异等位基因和81个同义变异基因。在临床验证阶段，46例患者用多重面板测序，结合遗传和临床结果进行诊断。结论在本研究中，我们描述了一个基于NGS的多重阵列的开发和验证，使得“长扩增子”方法能够用于与常见艾滋病相关的九个基因的靶向测序。与其他方法相比，这种筛选工具更便宜，更全面，比传统的测序更有信息。在CNV分析、高灵敏度和高均匀性、GC富集区测序、InDel检测和内含子覆盖等方面，所提出的面板比WES或杂交探针具有优势。

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