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通过整合途径改进单细胞rna序列聚类( Improving Single-Cell RNA-seq Clustering by Integrating Pathways )
Chenxing Zhang Lin Gao Bingbo Wang Yong Gao
单细胞聚类是单细胞RNA测序数据分析的重要组成部分。然而，现有方法的精度和鲁棒性都受到噪声的干扰。解决这一问题的一个很有希望的方法是集成路径信息，这样可以减轻噪声，提高性能。在本工作中，我们研究了通过整合路径对现有单细胞聚类方法的准确性和鲁棒性的影响。我们收集了10种最先进的单细胞聚类方法、26个scRNA-seq数据集和4个通路数据库,结合AUCell方法和相似性网络融合对通路数据和scRNA-seq数据进行了整合,引入了3个准确性指标、3个噪声产生策略和稳健性指标。在该框架上的实验表明，整合路径可以显著提高大多数单细胞聚类方法的准确性和鲁棒性。
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