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整合蛋白质组学鉴定了数千个不同的、多表位的和高亲和力的纳米体( Integrative proteomics identifies thousands of distinct, multi-epitope, and high-affinity nanobodies )
Y Xiang Z Sang L Bitton J Xu Y Shi
抗体免疫应答对哺乳动物的生存至关重要。然而，我们还缺乏对抗体库的系统了解。在这里，我们开发了一种蛋白质组学策略，以前所未有的规模调查抗原参与的循环骆驼重链抗体的景观，其最小结合片段被称为V HH抗体或纳米体。该方法的敏感性和鲁棒性用三种免疫反应的数量级的抗原进行了验证；成千上万个不同的高亲和力纳米体家族被可靠地识别和量化。利用高通量结构建模、交联质谱、诱变、深度学习等技术，我们绘制并分析了>100，000个抗原-纳米体复合物的表位。我们的结果揭示了超高亲和力骆驼类纳米体在不同优势表位簇上结合特异性抗原的惊人多样性。纳米体利用形状和电荷互补来实现高选择性抗原结合。有趣的是，我们发现纳米体-抗原结合可以模拟保守的细胞内蛋白-蛋白相互作用。本文透明的同行审查过程的记录包括在补充信息中。
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