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慢性萎缩性胃炎中lncRNA-mRNA相互作用的转录组分析( Transcriptome Analysis of lncRNA–mRNA Interactions in Chronic Atrophic Gastritis )
Y Chao J Jin L Wang X Jin B Zhang
本研究旨在探讨慢性萎缩性胃炎(CAG)中与预后相关的lncRNAs和mRNAs的差异表达。通过高通量全转录组测序数据分析，比较CAG和慢性非萎缩性胃炎之间lncRNAs和mRNAs的水平。共获得97282个lncRNA转录本和20307个mRNA转录本，其中CAG上调50个，下调66个；上调377个，下调763个mRNA(p<0.05)。此外，通过基因本体富集分析研究了CAG差异表达基因之间的相互作用，发现富集的基因参与了MAP激酶活性、热生成和蛋白质修饰等生物学过程。通过构建CAG差异表达基因的共表达网络，确定了三个关键的lncRNAs节点可能是CAG发生的关键因素。通过Venn分析，筛选出共表达网络和蛋白-蛋白相互作用网络中常见的8个mRNAs,包括DGKA、EIF6、HKDC1、DHRS11、1、KRT15、TESPA1和CDHR2。最后，通过定量实时聚合酶链反应确定了5种差异表达的lncRNAs在CAG中的表达水平。总之，本研究为CAG的诊断提供了新的有希望的生物标志物。
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