蛋白质-代谢物相互作用的预测和收集( Prediction and collection of protein–metabolite interactions )

T Zhao J Liu X Zeng W Wang S Li T Zang J Peng Y Yang protein–metabolite interactions cellular process mass spectrometry

蛋白质与小分子代谢产物之间的相互作用在调节蛋白质功能和控制各种细胞过程中起着至关重要的作用。代谢酶、转录因子、转运体和膜受体的活性都可以通过蛋白-代谢物相互作用（protein-metabolite interactions,PMIs）介导。与蛋白质-蛋白质相互作用的丰富知识相比，对PMIS的了解很少。据我们所知，目前还没有开发用于收集PMI的数据库。近年来，大规模生物分子质谱分析的快速发展导致了大量PMIs的发现。因此，我们开发了PMI-DB来提供一个全面准确的PMIS资源。PMI-DB共采集49个785个条目，对应23个小分子代谢物、9631个蛋白质和4个物种。与其他只提供阳性样本的数据库不同，PMI-DB提供了蛋白质和代谢产物之间的非相互作用，这不仅为生物实验人员降低了实验成本，而且便于使用机器学习为研究人员构建更精确的算法。为了说明PMI-DB的方便性，我们提出了一种基于深度学习的PMI-DB预测PMIs的方法，并与几种方法进行了比较。实验结果表明，该方法的曲线下面积和查准率-查全率曲线下面积分别为0.88和0.95。总的来说，PMI-DB为浏览感兴趣的代谢物/蛋白质的生物学功能提供了一个用户友好的界面，并为识别不同物种中的PMIs提供了实验技术，为进一步理解细胞过程提供了重要支持。PMI-DB可在http://easybioai.com/pmidb免费访问。

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