基因追踪:识别所有生物和临床条件，其中感兴趣的基因差异表达

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作者：scidown 发布时间：2021-07-12 11:10:38 文章标题：

基因追踪:识别所有生物和临床条件，其中感兴趣的基因差异表达( GeneChaser: Identifying all biological and clinical conditions in which genes of interest are differentially expressed )

文章作者：

R Chen R Mallelwar A Thosar S Venkatasubrahmanyam AJ Butte infectious disease surveillance multivariate time series of counts space-time models

文章简述：

公共存储库（如NCBI基因表达综合（GEO）中的基因表达数据量呈指数级增长，为生物信息学家提供了一座金矿，但生物学家和临床医生不容易访问。我们开发了一种自动化方法来注释和分析所有地理数据集，包括来自42个物种的231种微阵列类型的1，515个地理数据集，并对24种地理特定类型进行了12，658组对组比较。然后，我们建立了GeneChaser，这是一个网络服务器，使没有生物信息学技能的生物学家和临床医生能够轻松识别一个基因或一组基因差异表达的生物和临床条件。GeneChaser以图表形式显示这些条件，给出统计比较，允许排序/过滤功能，并提供对原始研究的访问。我们对NANOG、Oct4、SOX2和LIN28进行了单基因搜索和多基因搜索，证实了它们在胚胎干细胞发育中的作用，鉴定了几种调节其表达的药物，并提出了它们在性别决定、异常精子形态、疟疾感染和癌症中的潜在作用。我们证明了GeneChaser是阐明感兴趣基因的功能、转录调控、药物反应和临床意义信息的有力工具。

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