基于TCGA和GTEx数据库构建胰腺腺癌rna结合蛋白相关预后模型( Construction of an RNA-Binding Protein-Related Prognostic Model for Pancreatic Adenocarcinoma Based on TCGA and GTEx Databases )

X Wen Z Shao S Chen W Wang L Zhang

背景：近年来，RNA-binding proteins（RBPs）与靶mRNA相互作用调节基因转录后表达，RBP介导的RNA修饰可以调节原癌基因和抑癌基因的表达和功能。我们系统地分析了RBPs在胰腺腺癌(PAAD)中的表达，并建立了Rbp与预后相关的风险模型。方法：从TCGA-PAAD和GTEx数据库中下载正常胰腺标本和PAAD标本的基因表达数据。应用Wilcoxon检验和单因素Cox分析筛选差异表达RBPs（DE-RBPs）和预后相关RBPs（pRBPs）。功能富集用GO、KEGG和GSEA分析。利用字符串在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。采用多因素Cox分析法选择模型RBPs。应用Kaplan-Meier生存率和Cox分析法评价危险度评分对PAAD患者总生存率的影响。应用ROC曲线和验证队列来验证模型的准确性。应用诺模图预测PAAD患者的1、3、5年总生存期(OS)。最后对模型RBPs进行进一步分析，探讨其在PAAD中的差异表达、预后价值以及富集途径。结果：RBPs(453)在正常和肿瘤组织中有差异表达，其中28例与预后有关。DE-RBPs(453)与核糖体、核糖核酸酶、剪接体等功能相关，我们鉴定了8个RBPs(PABPC1、PRPF6、OAS1、RBM5、LSM12、IPO7、FXR1和RBM6)来构建预后风险模型。较高的风险评分不仅预测预后不良，而且是一个独立的预后不良指标，ROC曲线和验证队列验证了这一点。从RNA和蛋白质水平上证实了8个模型RBPs在正常和肿瘤标本中的表达有显著差异。此外，8种RBP均与PAAD患者的总生存率有关。结论：我们成功地构建了一个与RBP相关的PAAD预后风险模型，具有潜在的临床应用前景。

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