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通过条形码sgRNAs授权的碱基编辑器筛选全基因组查询基因功能( Genome-wide interrogation of gene functions through base editor screens empowered by barcoded sgRNAs )
Ping Xu Zhiheng Liu Ying Liu Huazheng Ma Wensheng Wei
典型的CRISPR基因敲除(KO)筛选依赖于Cas9诱导的DNA双链断裂（DSBs）来产生靶向基因KOS。这些方法可能产生扭曲的结果，因为DSB相关效应经常被错误地假设为基因扰动本身的后果，尤其是当高拷贝数位点被锁定时。在本研究中，我们报道了一种与DSB无关的全基因组CRISPR筛选方法，称为iBARed胞嘧啶碱基编辑介导基因KO(BARBEKO)。该方法通过干扰基因起始密码子或剪接位点，或引入过早终止密码子，利用CRISPR胞嘧啶碱基编辑器进行基因组范围的KO筛选。此外，它还与我们设计的提高筛查质量和效率的策略iBAR集成在一起。通过在高感染倍数（高达10）下通过慢病毒感染构建这样一个细胞文库，我们在大量减少起始细胞的情况下获得了高效和准确的筛选结果。更重要的是，与Cas9介导的适应性筛选相比，BARBEKO筛选不再受DNA切割诱导的HeLa-、K562-或DSB敏感的视网膜色素上皮细胞毒性的影响。我们预计BARBEKO提供了一个有价值的工具，在各种设置中补充当前的CRISPR-KO屏幕。带有碱基编辑器的CRISPR基因筛选避免了DNA断裂的混杂影响。
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