基于EGFR和PDGFRA共表达模块的胶质瘤分类方案( A glioma classification scheme based on coexpression modules of EGFR and PDGFRA )

Yingyu,Sun Wei,Zhang Dongfeng,Chen Yuhong,Lv Junxiong,Zheng Henrik,Lilljebjrn Liang,Ran Zhaoshi,Bao Charlotte,Soneson Hans Olov,Sjgren Leif G,Salford Jianguang,Ji Pim J,French Thoas,Fioretos Tao,Jiang Xiaolong,Fan

我们假设胶质瘤发生的关键信号通路可能有助于胶质瘤的分子分类。研究了胶质瘤中表皮生长因子受体(EGFR)和血小板源性生长因子受体A(PM，40个基因）的基因共表达模式。基于EM和PM的表达特征，非负矩阵因子分解将来自三大洲四个独立数据库的1369例II-IV级成人弥漫性胶质瘤以形态学无关的方式聚类为EM亚型、PM亚型和EM（低）PM（低）胶质瘤亚型。EM胶质瘤除了具有明显的基因组改变外，还与年龄大、预后差、神经干细胞基因和星形发生基因表达强有关。PM和EM（低）PM（低）胶质瘤都与诊断年龄较小和预后较好有关。PM胶质瘤富含少突胶质形成基因的表达，而EM（低）PM（低）胶质瘤则富含成熟神经元和少突胶质细胞的特征。基于EM/PM的分子分类方案适用于成人低级别和高级别弥漫性胶质瘤，在将弥漫性胶质瘤分配给具有不同转录组和基因组图谱的亚型方面优于现有的分类方案。大多数EM/PM分类器，包括调节胶质细胞命运的决定，尚未在胶质瘤生物学中得到广泛研究。这些分类子的亚群在小鼠胶质前体细胞中共表达，并以EM/PM胶质瘤亚型特异性的方式频繁扩增或丢失，导致躯体拷贝数改变依赖的基因表达，这有助于胶质瘤样本中的EM/PM特征。基于EM/PM的分子分类提供了一个分子诊断框架，以加速寻找新的胶质瘤治疗靶点。

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