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环状序列对短DNA发夹解链的影响( Effect of loop sequence on unzipping of short DNA hairpins )
Anurag Upadhyaya Sanjay Kumar
通过原子模拟研究了DNA发夹序列的稳定性。为此,我们考虑了一个由16个碱基组成的发夹序列,该序列由一个由4个碱基组成的环和一个由6个碱基对组成的茎组成。我们取了八个不同的序列,其中前五个碱基对在所有序列中保持不变,而环序列和关闭环的双链碱基对的身份是不同的。针对这些发夹结构,进行了力诱导熔化(解拉链)研究,以探讨各变量对发夹稳定性的影响。一半碱基对开放的温度称为熔化温度。我们定义了解压缩力Fh(碱基对的一半是开放的),并表明它可能不提供关闭碱基对或环序列对DNA发夹稳定性的影响。为了更好地理解DNA发夹的稳定性,闭合的碱基对或发夹环必须是开放的。这需要完全打开茎。我们定义了一个力Fc,在这个力Fc下,所有的碱基对都是开放的,我们表明这个力Fc能更好地理解DNA发夹稳定性。
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