通过比较44种sarbecvirus基因组，研究SARS-CoV-2基因含量和COVID-19突变的影响( SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes )

I Jungreis R Sealfon M Kellis

尽管新型冠状病毒基因集在临床上很重要，但它仍未解决，阻碍了对新冠肺炎生物学的解剖。我们使用比较基因组学来提供一个高置信度的蛋白质编码基因集，描述进化约束，并对功能突变进行优先排序。我们在理想的进化距离上选择了44个Sarbecovirus基因组，并对蛋白质编码的进化特征和重叠约束进行了量化。我们发现ORFs3A、6、7a、7B、8、9B和一个新的交替框架基因ORF3c具有较强的蛋白质编码特征，而ORFs2B、3D/3D-2、3B、9C和10缺乏蛋白质编码特征或令人信服的蛋白质编码功能的实验证据。此外，我们还没有发现其他保守的蛋白质编码基因。突变分析表明ORF8有助于个体内的健康，但不是人与人之间的传播。跨株和株内进化压力一致，除了nsp3和S1的株内突变比预期的少，核衣壳的突变比预期的多，这表明在一个预测的B细胞表位中有一簇突变，表明免疫回避选择。被尖峰蛋白替换D614G、N501Y、E484K和K417N/T破坏的残基的进化史提供了关于它们生物学的线索，我们编目了可能的功能共同遗传突变。以前报道的RNA修饰位点没有显示出为了保存而富集。在这里，我们报告了一个高置信度的基因集和进化史注释，提供了关于新型冠状病毒生物学、突变和进化的宝贵资源和见解。新型冠状病毒基因集仍未解决，阻碍了对新冠肺炎生物学的解剖。通过对44个Sarbecovirus基因组的比较，提供了一个高置信度的蛋白质编码基因集。这项研究描述了蛋白质水平和核苷酸水平的进化限制，并优先考虑正在进行的新冠肺炎疫情的功能突变。

SciDown文献求助系统（解决99%问题） Public Download ResearchGate