抓住你能抓住的——对空间复制的评估，以减少沉积物eDNA元编码的异质性( Grab what you can—an evaluation of spatial replication to decrease heterogeneity in sediment eDNA metabarcoding )

Jon T. Hestetun Anders Lanzén Thomas G. Dahlgren

环境DNA方法，如元编码，被认为是当前基于形态学的多样性评估做法的可能替代或补充，以确定海洋沉积物中底栖生物群落的特征。然而，沉积物eDNA研究中所用的源体积比形态学鉴定中所用的源体积低几个数量级。在此，我们使用北海海底取样站的数据来研究元编码数据在多大程度上受到取样偏差和空间异质性的影响。使用三个抓斗平行线，我们从每个抓斗中取样五个独立的沉积物样本。然后，我们从每个沉积物样本中提取了五个DNA复制。每种提取物都以18S SSU rRNA V1-V2区为真核总组成，以细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因为后生动物为目标进行扩增。在两个数据集中，同一沉积物样品的提取物复制比同一抓取的不同样品的提取物复制具有显著的相似性。此外，不同抓取的样本在18s内的相似性低于同一抓取的样本。有趣的是，COI元编码并不是这样，因为同一抓取中的差异与抓取之间的差异相似。我们还调查了提取物复制、单个沉积物样本和单个抓取的所有沉积物样本可以覆盖的总的鉴定丰富度的多少，以及香农多样性的变异性，对于COI来说，还调查了指示环境状况的大型动物生物指数。这些结果与β多样性的发现基本一致，并表明18S元编码可以很好地描述总的真核生物多样性和可管理的生物复制数。基于这些结果，我们强烈建议将单个抓取器表面的不同部分结合起来提取eDNA，以及多个抓取器复制，或者盒核或类似的抓取器复制。这将冲淡优势物种的影响，并增加阿尔法多样性的覆盖率。与18S相比，基于COI的元编码一致性较低，但基于COI大型动物的指数比直接的COIα多样性度量更一致。

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