深度DNA挖掘:快速通用元编码调查(RUMS)作为一种工具，可以在深度梯度上检测珊瑚礁的生物多样性( Digging for DNA at depth: rapid universal metabarcoding surveys (RUMS) as a tool to detect coral reef biodiversity across a depth gradient )

JD Dibattista JD Reimer M Stat GD Masucci P Biondi BM De M Bunce

背景有效的生物多样性监测对于跟踪生态系统的变化至关重要，因为它关系到商业、娱乐和保护利益。目前调查珊瑚礁生态系统的方法集中在使用指示物种和在特定地点重复调查。然而，这些方法往往受到它们所描述的海洋生物多样性总量的狭隘快照的限制，从而妨碍了它们对基于生态系统的整体监测作出贡献的能力。同时，环境DNA（eDNA）和下一代测序元编码方法提供了一个新的机会，可以快速评估我们海洋中从微生物到大型动物的广泛真核生物的存在。方法利用18S rRNA对日本冲绳两个珊瑚礁沉积物样品中的eDNA进行快速通用元编码调查(RUMS)，以提供沿深度梯度的真核亚热带生物多样性快照。结果18S rRNA元编码发现，在10～40 m不同深度的沉积物中，真核生物群落组合在科级水平上存在明显的分离(p=0.001)。在被分配给多孔门中最多样化的纲（占81%的物种）的Demospongiae纲（海绵纲）的操作分类单位中观察到了显著的深度分带；地球上最古老的后生动物门。然而，没有观察到珊瑚虫纲（即海葵、石珊瑚、软珊瑚和八珊瑚）的分区，这表明根据精细空间尺度的取样和使用这种通用分析方法，前者可能是更好的指示物种来源。此外，尽管它们在被检查的珊瑚礁中大量存在，但我们没有检测到任何八珊瑚DNA，这可能是由于细胞脱落率低、分析灵敏度高或引物偏差。总体而言，我们的初步研究证明了在eDNA中探索深度效应的重要性，并建议RUMS可以用于在具有经济和保护重要性的沿海地点提供真核海洋分类群的基线信息。

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