个体化lncRNA差异表达谱揭示了乳腺癌的异质性( Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer )

Zhangxiang Zhao YingYing Guo Yaoyao Liu Lichun Sun Xia Li

长非编码RNA（lncRNAs）在乳腺癌中起着重要的调控作用。然而，群体水平差异表达分析方法忽略了lncRNAs在个体患者中的异质性表达。因此，我们采用lncRNA个体化方法（LncRIndiv）对乳腺浸润癌(BRCA)的lncRNA表达谱进行个体化。在评估了LncRIndiv的鲁棒性后，我们构建了一个BRCA的个体化差异表达lncRNA（IDElncRNA）图谱，并研究了亚型特异性的idelncRNAs。乳腺癌亚型特异性IDElncRNA与蛋白质编码基因的突变、拷贝数变异和差异甲基化等变化频繁共现。我们采用层次聚类方法对TNBC进行了细分，揭示了TNBC的间充质亚型和免疫亚型。TNBC免疫亚型比TNBC间充质亚型预后更好。间叶亚型中差异表达最多的是LncRNA PTOV1-AS1。生物学实验证实PTOV1-AS1上调可下调TJP1(ZO-1)和E-Cadherin，上调波形蛋白，提示PTOV1-AS1可能促进TNBC细胞的上皮-间质转化，导致细胞迁移和侵袭。间充质亚型M2巨噬细胞比例较高，而免疫亚型与CD4+T细胞比例较高。该免疫亚型的特点是基因组不稳定性和免疫检查点基因的上调，从而提示对免疫抑制药物的潜在反应。最后，药物反应分析表明lncRNA ENSG00000230082(PRRT3-AS1)可能是紫杉醇治疗BRCA的耐药标志物。我们的分析强调，IDElncRNAs可以表征BRCA肿瘤间的异质性，新的TNBC亚型为TNBC免疫治疗提供了新的见解。

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