一株新分离的2,4-二硝基酚降解菌imtechensis XM24D的基因组和转录组测序( Genome and transcriptome sequencing of a newly isolated 2,4-dinitrophenol-degrading strain Rhodococcus imtechensis XM24D )

F Hu L Yang Z Wang J Wang

背景：2,4-二硝基苯酚（2,4-DNP）是一种重要的有机环境污染物，对各种形式的生物体都有剧毒。采用富集技术从2,4-DNP污染土壤中分离到一株革兰氏阳性菌株XM24D。目的：研究XM24D对2,4-DNP及其类似物的降解能力，揭示其降解途径。方法：采用生长实验法检测XM24D的降解能力。通过基因组和比较转录组测序预测了2,4-DNP及其类似物降解途径。结果:XM24D的生长特性表明，XM24D能够利用2,4-DNP作为唯一的碳、氮和能量来源。XM24D也能降解2,4-DNP的类似物，包括4-硝基苯酚(PNP)和2-氯-4-硝基苯酚(2C4NP)。基因组分析表明，XM24D基因组包含两条染色体，总大小为9.08Mb，平均GC含量为67.07%。平均核苷酸同源性分析表明，伊特红球菌RKJ300是与XM24D亲缘关系最密切的菌株。比较转录组分析表明，XM24D的2,4-DNP/PNP/2C4NP降解途径在序列和组织结构上与乳浊红球菌HL PM-1的2,4-DNP降解途径、SAO101的PNP降解途径和imtechensis RKJ300的2C4NP降解途径高度相似。结果表明，2,4-DNP/PNP/2C4NP在XM24D中是通过2,4-二硝基环己酮/4-硝基邻苯二酚/羟基喹啉途径降解的。结论:XM24D的基因组和转录组信息为进一步研究硝基苯酚降解途径的进化特性提供了有价值的参考。

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