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银杏近完整的基因组揭示了裸子植物的进化( The nearly complete genome of Ginkgo biloba illuminates gymnosperm evolution )
Hailin Liu Xiaobo Wang Guibin Wang Peng Cui Fuliang Cao
裸子植物是一种独特的植物谱系,由于其基因组大小大,重复序列含量高,目前缺乏高质量的参考基因组。在这里,我们报告了银杏叶的一个几乎完整的基因组组装,基因组大小为9.87Gb,N50连接大小为1.58Mb,N50支架大小为775Mb。我们能够准确地注释总共27832个蛋白质编码基因,取代了以前基因组组装草案中对41840个基因的不准确注释。我们发现G.biloba基因组的扩展,伴随着显着的内含子延伸,主要是由长末端重复序列的插入引起的,而不是最近发生的全基因组复制事件,这与以前的研究结果相反。我们还鉴定了与精子鞭毛形成有关的中央对、细胞内运输和动力蛋白家族的候选基因,这些基因在除银杏和苏铁以外的所有种子植物中都丢失了。新获得的银杏基因组为裸子植物基因组的进化提供了新的见解。通过对银杏基因组的分析,揭示了银杏基因组扩展的原因和与精子鞭毛形成有关的候选基因,进一步加深了对裸子植物进化的认识。
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