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高效转录组学成像的压缩感知( Compressed sensing for highly efficient imaging transcriptomics )
B Cleary B Simonton J Bezney E Murray A Regev
最近的组织样本空间成像方法可以在单细胞分辨率下识别多达100个单个蛋白1-3或RNAS4-10。然而，在这些途径中可以研究的蛋白质或基因的数量受到长成像时间的限制。在此，我们介绍了复合原位成像(CISI)，一种利用跨细胞和组织的基因表达结构来限制获得空间分辨基因表达图谱所需的成像周期数的方法。CISI定义了基因模块，这些模块可以使用来自基因子集成像探针的复合测量来检测。然后对数据进行解压缩以恢复单个基因的表达值。CISI通过不依赖于点级分辨率进一步减少成像时间，实现了更低的放大倍数采集，总体上比现有方法效率提高了约500倍。将CISI应用于12个小鼠脑切片，我们从覆盖180 mm和476,276个细胞的11个复合测量中精确地恢复了37个个体基因的空间丰度。
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