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拟南芥根尖分生组织细胞特性的单细胞分析:见解和机遇( Single-cell analysis of cell identity in the Arabidopsis root apical meristem: insights and opportunities )
Shahan Rachel Nolan Trevor M Benfey Philip N Arabidopsis root cell identity chromatin accessibility developmental trajectories environmental response single-cell RNA sequencing transcriptomics
发育生物学的一个基本问题是干细胞的后代如何成为分化的组织。拟南芥根的组织结构简单，细胞谱系明确，是解决这一问题的一个可操作的模型。特别是根尖的分裂细胞区--根尖分生组织--提供了一个绘制干细胞生态位维持、组织构型和细胞身份获得的基因调控网络的机会。为了确定这些过程的分子调节因子，过去20年的研究采用了基因表达模式的全球分析。然而，由于在多个细胞类型和/或发育阶段上平均基因表达签名，这些技术容易出现信息丢失。最近开发的单细胞分辨率高通量基因表达谱方法已成功应用于植物。在这里，我们回顾了第一次发表的单细胞mRNA测序和来自拟南芥根的染色质可达性数据集的见解。这些研究以前所未有的分辨率成功地重建了发育轨迹、表型细胞同一性突变体，并揭示了细胞对环境刺激的类型特异性反应。从拟南芥获得的实验洞察力为其他物种的根剖面铺平了道路。
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