基因组学方法改进菌株选择的分析和设计

Scidown文献预览系统！

作者：scidown 发布时间：2021-06-18 09:56:37 文章标题：

基因组学方法改进菌株选择的分析和设计( A genomics approach to improve the analysis and design of strain selections )

文章作者：

TE Warnecke MD Lynch A Karimpour-Fard N Sandoval RT Gill 3-Hydroxypropionic acid Tolerance Selection Strain engineering Multi-SCale Analysis of Library Enrichments (SCALEs

文章简述：

菌种工程传统上是以利用诱变、选择和筛选来开发改良菌种为中心的。虽然突变和筛选方法已有很好的特点，但对选择的了解仍然很少。我们假设我们可以使用一种全基因组的方法来评估实验室选择，以设计对单一所需表型具有增强敏感性（真阳性）和特异性（真阴性）的选择。为了验证这一假说，我们首先应用文库富集的多尺度分析（SCALEs）来鉴定随着3-羟基丙酸(3-HP)水平的增加，连续流选择中适合度增加的基因。我们发现这种选择不仅丰富了3-HP耐受表型，而且丰富了壁粘附表型（41%的假阳性）。利用这个全基因组数据，我们设计了一个3-HP梯度递减的串批选择。通过ROC分析进一步检查证实，系列批次方法导致我们所需表型(3-HP耐受）的敏感性（46%）和特异性（10%）显著增加。

文章下载地址（开放版）：